จากข้อบังคับ กอวช. ว่าด้วย หน่วยงานบริหารและจัดการทุน 2562 ในบทเฉพาะกาล ข้อ 30 ระบุว่า “ในวาระเริ่มแรก เพื่อให้หน่วยงานบริหารและจัดการทุนดำเนินการได้ในทันที ให้นำระเบียบ ข้อบังคับ ประกาศ หรือหลักเกณฑ์ที่เกี่ยวข้องกับการจัดสรรทุนสนับสนุนของ สกสว.  สวทช. หรือหน่วยงานสนับสนุนทุนอื่นในระบบวิจัยและนัวตกรรม มาใช้บังคับแก่หน่วยงานบริหารและจัดการทุนโดยอนุโลมไปพลางก่อน จนกว่าจะมีการจัดทำหลักเกณฑ์เกี่ยวกับการขอรับทุน การกลั่นกรองคำขอรับทุน และการจัดสรรทุนให้แก่ผู้รับทุนตามข้อบังคับนี้” คณะกรรมการบริหาร บพข. ได้มีมติให้ใช้ หลักเกณฑ์ที่เกี่ยวข้องกับการจัดสรรทุนสนับสนุนของ สวทช. เป็นแนวทางในการดำเนินงาน และเห็นชอบให้มีการยกเว้นและปรับเปลี่ยนบางส่วนให้เหมาะสมกับบริบทของ บพข. โดย บพข. ได้กำหนดให้มีกระบวนในการกลั่นกรองข้อเสนอโครงการใน 2 ขั้นตอนคือ

การคัดกรองเบื้องต้น (Screening) โดยใช้เกณฑ์

  1. ข้อเสนอโครงการมีเป้าหมายชัดเจนตรงกับเป้าหมายของแผนงาน ของ บพข. 
  2. มีภาคเอกชนเข้าร่วมโครงการ และภาคเอกชนมีการสนับสนุนงบประมาณ (in cash) ตามประเภทการสนับสนุนทุนของ บพข.  
  3. ระดับความพร้อมของเทคโนโลยีที่จะพัฒนา (Technology readiness level) เริ่มต้นต้องไม่น้อยกว่า 4 และ 
  4. หัวหน้าโครงการต้องมีสัดส่วนความรับผิดชอบที่เหมาะสม และเป็นผู้มีความรู้ในเรื่องที่เสนอขอรับทุน 
  • การประเมินด้านเทคนิค (Technical review) โดยการส่งเอกสารให้ผู้ทรงคุณวุฒิในสาขาที่เกี่ยวข้อง ไม่น้อยกว่า 3 คน เพื่อให้ความเห็นในเชิงเทคนิค โอกาสสำเร็จ การใช้ประโยชน์ 
  • การพิจารณาโดยคณะอนุกรรมการแผนงาน  บพข. ได้แต่งตั้งคณะอนุกรรมการแผนงานในแต่ละกลุ่ม ซึ่งประกอบด้วยผู้ทรงคุณวุฒิทั้งจากหน่วยงานภาครัฐ สถาบันการศึกษา และจากภาคเอกชนในสัดส่วนเท่าๆ กัน เพื่อเป็นผู้พิจารณาอนุมัติโครงการ ในกรณีที่โครงการเสนอขอรับทุนจาก บพข. ไม่เกิน 10 ล้านบาท ตามอำนาจที่ได้รับมอบหมายจากคณะกรรมการบริหารฯ 
  • ด้วยนโยบายในการสนับสนุนโครงการที่จะนำไปสู่การใช้ประโยชน์จริงในเชิงพาณิชย์ ซึ่งงานวิจัยในส่วนปลายน้ำจะต้องใช้งบประมาณค่อนข้างสูง คณะกรรมการบริหารฯ จึงไม่ได้จำกัดวงเงินงบประมาณของโครงการที่เสนอขอ ประกอบกับการมีทุนสนับสนุนให้กับภาคเอกชนโดยตรง บพข. จึงได้เพิ่มกระบวนการในการประเมินผลกระทบ และประเมินโอกาสเชิงธุรกิจ สำหรับโครงการที่เสนอของบประมาณมากกว่า 30 ล้านบาทเพื่อให้มั่นใจว่าโครงการที่สนับสนุนจะสามารถก่อให้เกิดผลลัพธ์ และผลกระทบตามที่เป้าหมาย และภาคเอกชนที่ได้รับทุนสนับสนุนจะสามารถทำวิจัย จนได้รับผลสัมฤทธิ์ในการนำผลงานวิจัยไปขยายผลเชิงพาณิชย์ 

การติดตามและประเมินผลโครงการ 

เมื่อโครงการได้รับอนุมัติ บพข. มีคู่มือในการบริหารโครงการ และเผยแพร่บนเว็บไซต์ บพข. สำหรับให้นักวิจัยใช้เป็นแนวทางบริหารจัดการเงินและพัสดุ เพื่อสนับสนุนการวิจัยให้เป็นไปอย่างคล่องตัว และเอื้อต่อการดำเนินงานของโครงการวิจัยให้มีประสิทธิภาพ และประสิทธิผลยิ่งขึ้น โดยมอบความไว้วางใจให้กับผู้รับทุนเป็นผู้กำกับดูแลการเงินของโครงการวิจัยให้เป็นไปตามเกณฑ์ที่กำหนด โดยคำนึงถึง หลักการ “จำเป็นและประหยัด” ภายใต้แผนงานและงบประมาณที่ได้รับการจัดสรร โดยมีหลักฐานใช้จ่ายจริง โปร่งใสและตรวจสอบได้ 

เมื่อโครงการเริ่มดำเนินการไประยะหนึ่งแล้ว คณะอนุกรรมการแผนงานจะทำหน้าที่ในการติดตามความก้าวหน้าผลการดำเนินงานของโครงการเป็นระยะๆ อย่างสม่ำเสมอ เพื่อให้มั่นใจว่าการดำเนินงานเป็นไปตามแผนของโครงการ และหากมีปัญหาและอุปสรรคเกิดขึ้นในระหว่างการดำเนินงาน จะได้ร่วมกันแก้ไขปัญหาได้อย่างทันท่วงที โดยกระบวนการติดตามมีทั้งการส่งรายงานผลการดำเนินงาน การเยี่ยมชมติดตาม และการจัดประชุมหารือร่วมกัน 

หลังจากโครงการดำเนินงานจนสิ้นสุดโครงการ ผลงานวิจัยที่ได้จะถูกนำไปวิเคราะห์และสังเคราะห์และหารือในคณะอนุกรรมการแผนงานเพื่อให้ข้อคิดเห็นในการพัฒนาต่อยอดหรือนำไปใช้ประโยชน์ในเชิงพาณิชย์ต่อไป